Одним из важнейших приемов улучшающих развитие эмбрионов в яйцах является охлаждение яиц в процессе инкубации. При этом молодняк выводится более дружно и лучшего качества. В естественных условиях охлаждение яиц под наседкой происходит за счет большого градиента температуры: верх-низ яйца, середина — периферия яйца. Яйца охлаждаются, когда наседка периодически встает в гнезде (это обычно происходит в конце инкубации) или покидает его на время. Охлаждение яиц у куру индеек и цесарок при естественном насиживании воздушное, а у гусей и уток комбинорованно-воздушное за счет испарения с яиц воды после их увлажнения мокрым (после выгула) телом наседки. Продолжительность охлаждений яиц — 20–30 минут с частотой 1–2 раза в сутки.
При искусственной инкубации яиц также применяют их охлаждение. Особенно это необходимо при инкубации яиц водоплавающей птицы. Охлаждение проводят комбинированно: сначала 20–30 минут воздушное, а затем путем опрыскивания яиц холодной водой с добавлением в нее марганцево-кислого калия (до слабо-розовой окраски) или хлорамина. Охлаждение проводят два раза в день в одни и те же часы — утром и вечером. Охлаждать яйца начинают со второй половины инкубации и продолжают до вывода молодняка. В период вывода охлаждение не проводят. Очень важно, чтобы охлаждение было не очень глубоким (не ниже 28 градусов на поверхности яиц), а нагрев до исходной температуры — быстрым (не более 30 минут).
Следует обратить внимание на положение яиц в инкубаторных лотках. В принципе, оно может быть любым. Однако, нельзя укладывать яйца острым концом вверх, т. е. вниз воздушной камерой — это резко снижает вывод. К моменту наклева скорлупы (вылупливание) яйца перекладывают горизонтально. Во время инкубации яйца необходимо поворачивать. Поворот яиц в инкубаторе, в отличие от перемещения их под наседкой, очень важен в первую половину инкубации, когда требуется обеспечить устойчивое положение желтка, рост и замыкание аллантоиса. Если яйца с первых дней не поворачивать, то зародыш погибнет. Недостаточное поворачивание яиц в процессе инкубации вызывает прилипание зародыша к скорлупе и неправильное развитие аллантоиса, который срастается над белком. Переворачивание яиц следует прекратить за трое суток до вылупливания.
Во время инкубации яйца поглощают большое количество кислорода и выделяют много углекислого газа, поэтому приток к яйцам свежего воздуха необходим. Гнездо наседки вентилируется естественно, за счет разности температур в нем и в окружающей среде. В инкубаторах допускается как принудительная, так и естественная вентиляция.